机体整备画面:
在进入各版面前玩者会在这里进行机体的乘换、强化武器改造等，另外在重大的分支发生时还可以多存几个SAVE，以便能够完成所有的剧情。
利用POCKET STATION中的迷你游戏积累资金
这是此系列第一次对应POCKET STATION，玩者只要机体整备画面中将迷你游戏下载到POCKET STATION，就可以利用其中的两个游戏来赚钱了。
利用POCKET STATION无限取得资金:
首先将迷你游戏下载至POCKET STATION中(需两格记忆空间)，利用迷你游戏取得较高的金钱后，将这个SAVE拷贝到另外一个记忆卡上，然后在资金加算中将迷你游戏得到的金钱输入本篇(每一关只有一次)，然后再将SAVE拷回，这样经过多次转录后就可以获得很高的金钱数值了。
新要素-熟练值系统:
在主人公的状态设定中增加了一项新的数值，这就是熟练度，它的高低会直接影响到敌人增援的数量、版面的难易度以及隐藏机体及事件的获得及发生。
精神指令:
各角色都可以使用精神指令就像RPG中的魔法一样，这是整个系列必不可缺的要素之一，本作中除了保留了系列中最常用的指令外还增加了几种新的指令，这几种新的指令有着相当大的效果，这会使作战中的机体有更多的攻击方法，另外，这几种新指令也会出现在游戏开始时被设定的主角身上。不失时机的使用会使战局对已方有利。
特殊技能：
角色所拥有的特殊技能是为忠实原作而存在的，除了大家十分熟悉的NEW TYPE(高达系)外还增加了像精灵凭依(魔装机神)等，拥有这些技能(见下表)的角色当达到一定条件后会使各人的能力得到很大的提高，也就是说它发挥了这个角色应该拥有的真实能力。
道具（强化芯片）：
不同的机体可以装载一个或几个附加道具，在本作中这种强化道具在原有的基础上增加了几种，取得道具的主要方法是将敌方BOSS级角色打败后得到，另外当达到某种条件过关时也会得到额外的道具。在与BOSS战中有些敌人是会逃走的，他们的身上大都拥有某些稀有的物品，所以一定要想方设法将这种敌人打败。
故事背景：
超级机器人系的故事背景：和平的学园生活中止……
一直过着平静学校生活的主人公眼前突发战斗，主人公受到面前出现的超级兵器西伦加斯特二式的召唤搭乘西伦加斯特参加战斗。虽说只是突然乘上军事秘密的高尖兵器，但主人公和盖塔及万能侠没有犹豫，也卷入战斗中。于是他被军部派遣到联邦远东支部正式成为格伦加斯特二式的飞行员。正在此时在提坦斯发生了军事政变。时隔7年，被消灭的新吉恩东山再起，看准时机采用了军事行动。远东支部了长官冈在无法得知提坦斯的地方情报情况下，取得与提坦斯反抗的组织奥古的合作。主人公们从奥古的军舰出发，单独参加与新吉恩的战斗，向南亚得里亚地区前进。据说在那里有7年前外星人降落地球的巨大战舰。不料这时提坦斯以闪电速度攻陷了加布罗，联邦政府被迫投降，而主人公们则被当做了叛逆者。对此，冈长官任命他们为远东支部所属的独立部队，但此时的地上混乱活动有增无减，BF团的暗中活跃和迪拉兹弗里特的高达强夺事件，还有突然在新东京出现了神密敌人的使徒……
真实系的故事背景：突然发生的战斗……难道是圈套?
主人公们接受了运送军事最机密武器ヒュッケバインMKⅡ的任务。但在途中突然遭遇提坦斯的攻击，运输机被击毁。恰巧处于ヒュッケバインMKⅡ中的主人公大难不死并被偶然路过的奥古的亚加玛舰营救脱出。之后主人公随奥古一起行动，对坠机事件渐起疑心。当什么被作为最高机密的军事运送任务竟然没有飞机护航，难道提坦斯的突然袭击只是巧合吗?
在这之中，被迷之敌人袭击的白色要塞也受到了亚加玛舰的协助，而追击白色要塞的新吉恩军也降落地球。这时他们了解了新吉恩与提坦斯暗地联系的内幕。在地球冈长官的帮助下他们与远东支部7年前的英雄阿姆罗和初次参战的胡苏会合。在了解到提坦斯将要发动军事行动后他们向加布罗飞去。但是无济于事，加布罗最终论为提坦斯的控制之下。公开被承认为远东支部亚加玛独自与新吉恩抗争。但是，单机突入大气层的新型高达，独自采取军事行动的OZ等，使战况愈加混乱。这时，在第2新东京出现了名叫“使徒”的神秘敌人……而迎击它的正是被称EVA的人类最终决战兵器。
●精神指令一览表
名称
效 果
消费SP
狙击 除MAP兵器及射程1的武器外射程＋2 30
激斗 一回合内伤害度1.5倍 60
奇襲 加速 + 必中 + 热血 + ひらめき 60
期待 指定已方机体的SP回复50（包括全部驾驶员） 90
舍て身 一次性攻击伤害度3倍、命中率、必杀率100％、一回合回避率0 100
大激励 全部已方机师气力＋10 120
戦慄 全部敌方机师气力－10 120
侦察 调查指定敌方单位的能力值 1
自爆 使临接机体受到自爆方所乘机体HP当前值的伤害 1
集中 机师一回合内命中率与回避率＋30％ 10
ひらめき（必闪） 完全回避敌人一次攻击 10
てかげん（手加减） 己方机师的技量高于被攻击机体机师的技量时，不能击落对方机体（HP剩10） 10
加速 移动力＋3 10
根性 回复机体最大HP的30％ 20
必中 本回合攻击命率为100% 20
努力 攻击敌方机体时一次性取得2倍的经验值 20
信赖 指定的已方机体HP回复30％ 30
铁壁 一回合内机体的防御力2倍 30
挑發 指定敌人机体向自己攻击 35
幸运 击落敌方机体时一次性获取2倍金钱 40
ド根性 机体HP完全回复 40
热血 一次性攻击伤害度2倍 40
气合 机师 气力＋10 40
脱力 指定敌方机师气力－10 50
隐れ身 一回合不受敌人攻击 60
魂 一次性攻击伤害度3倍 60
觉醒 行动回数＋1 60
かく乱（搅乱） 一回合内敌全体命中率减半 70
补给 指定 已方机体残弹及EN完全回复 60
激励 使指定已方机师气力＋10 60
友情 全部已方机体HP回复50％ 80
再动 指定己方行动完了的机体再次行动 90
爱 全部已方机体HP完全回复 100
奇迹 气合×3 + 加速 + 幸运 + 必中 + ひらめき + 魂 100
复活 指定己方被击落的机体及机师以全回复状态复活，但气力为100 120
●强化芯片
名称
效 果
高性能照準器 机体全武器命中+30
ミノフスキードライブ 机体移动+2飞行可能,地形适应“空”变为A,全武器对空适应为A
テム＝レイの回路 机体移动力-1,运动性-15,限界-20,修理费10
イナーシャルキャンセラー 所有武器伤害2500以下时无效，超过2500时，伤害减轻 发动条件：机师气力达到130 消费EN：5
ピンポイントバリアー 所有武器伤害1800以下时无效，超过1800时，“ピンポイントバリア”无效。发动条件：机师气力达到110 消费EN：5
ミンメイ人形 机师出击时气力+5
アンドロメダ焼き 机师单体SP全回复
ブースター 机体移动+1
メガブースター 机体移动+2
マグネットコーティング 机体运动性+5,限界+20
アポジモーター 机体移动+1,运动性+5
バイオセンサー 机体运动性+10,限界+15
サイコフレーム 机体运动性+10,限界+30
ハロ 机体移动+2,运动性+20,限界+30
チョバムアーマー 机体HP+500,装甲+100
ハイブリッドアーマー 机体HP+800,装甲+200
超合金Ｚ 机体HP+1000,装甲+300
超合金ニューＺ 机体HP+1500,装甲+400
高性能レーダー 机体除射程1和地图武器外,全武器射程+1
ミノフスキークラフト 机体飞行可能,地形适应“空”变为A，全武器对空适应为A
Ｉフィールド発生装置 ビーム系武器伤害2000以下时无效，超过2000时，伤害减轻 消费EN：10
対ビームコーティング ビーム系武器伤害1500以下时无效，超过1500时，伤害减轻 消费EN：5
リペアキット 机体HP2000回复
リペアキットＳ 机体HP全回复
プロペラントタンク 机体EN50回复
プロペラントタンクＳ 机体EN200回复
●机师特殊技能 名称
效 果
ガッツ（GUTS/毅力） 底力的强化。当机体的HP达到1/4以下时，机师的命中/回避率+50%、クリティカル率（必杀率）+50%
野生化（野性化） 兽战机队专用的特技。气力130发动，攻击力提升1.25倍
エースパイロット（王牌机师） 机师的击落数达到50后修得的特级。以后每话登场时机师气力为105
SP回復（SP回复） 主角专用特技。每回合回复机师的SP值，回复量为（机师当前等级/8）+ 5
集中力 主角专用特技。SP消费量为平时的80%
勇者 主角专用特技。使临近的己方机师气力+5
社長 主角专用特技。击到敌人所得到的资金为原来的1.2倍
強化人間（强化人） 与ニュータイプ（NEWTYPE）类似，但补正值较弱。达到8时，NT专用武器的射程+1！
聖戦士（圣战士） 圣战士作品里出现的机师特技。随着“聖戦士（圣战士）”等级的提高，机师的回避最多提高30%、圣战士专用武器“オーラ斬り”和“ハイパーオーラ斬り”的攻击力提高！
ニュータイプ（NEWTYPE） 高达作品里出现的机师特技。随“ニュータイプ”等级提高，机师的命中/回避最多提高30%、当“ニュータイプ”等级达到8时，NT专用武器的射程+1，LV9时NT专用武器的射程+2！
念動力（念动力） 主角及部分原创人物拥有的特技，随“念動力（念动力）”等级提升，机师的命中/回避最多提高40%！
底力 当机体的HP达到1/4以下时，机师的命中/回避率+30%、クリティカル率（必杀率）+50%
天才 升级所须经验值为400，角色射击/格斗能力成长率普通机师的120%
ツンクロ率：（同步率） EVA机师拥有的特技。根据同步率的提升，攻击力/防御力提升。每次击落/击伤敌机增加，被攻击降低。
切り払い（切返） 以“切り払い（切返）”等级的1/16的确率发动，发动后实弹系/光剑类，体当类攻击无效。（需要机体持有光剑，否则无法发动）
シールド防御（盾防御） 以“シールド防御（盾防御）”等级的1/16确率发动，发动后使机体伤害减半（需要机体持有盾，否则无法发动）
两次移动 机师到达一定等级后修得的特技。修得后机师状态栏W字样变亮
