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1999年
　　碇唯提出形上生物学突破性理论，被冬月采用，并成为冬月的爱生。
　　冬月保释出六分仪源堂，唯与源堂开始交往。

　　2000年

　　8月15日
　　南极的葛城调查队提出S^2机关理论，并预定在9月13日进行亚当融合实验。

　　9月13日
　　实验出乎意料，亚当力量觉醒，南极大陆大爆炸，全世界发生第2次冲击。唯一生还者---葛城美里。
　　源堂和唯一同加入SEELE。碇唯和源堂结婚，源堂改姓为碇。

　　2002年
　　冬月正调查第2次冲击的真相，并发现光之巨人的疑点，并发现新闻经过幕后操纵。
　　患上失语症的小美理，被安排在南极调查船的第1隔离室内静养。

　　2003年
　　箱根人工进化研究所： 冬月指责源堂隐瞒2次冲击的真相，并要求对外公报。
　　源堂带冬月往地下都市。E计划确定存在。零号机雏型登场。
　　冬月加入SEELE的组织。
　　研究室内，赤木博士母女登场。

　　2004年
　　11月
　　箱根的地底第2实验场，进行着EVA接触实验，实验失败，唯死亡。
　　唯死后1周，开始进行亚当计划和人类补完计划。
　　小真嗣登场。

　　2005年
　　第二迁都计划，第三新东京市兴建计划展开。
　　第二东京大学，律子认识了美里，美里与加持交往。
　　复制人绫波零诞生。

　　2008年
　　MAGI基础理论完成。
　　律子进入GEHIRN，美理也进入GEHIRN德国分部。律子看见母亲尚子和源堂私通。
　　明日香成为第2适任者，其母京子自杀。

　　2010年
　　天顶都市初步完成。 一人目小绫波零登场。
　　直子向律子表示MAGI是三个自己，后直子由小零口中得知源堂的真正目的后，愤而杀死小零后自杀。之后GEHIRN改名特务机关NERV。

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2014年
　　绫波零被选为第1适任者，居往第三新东京市。进入市立第1中学就读。
　　明日香大学毕业。
　　EVA零号机、初号机、贰号机建造完成。

　　2015年

　　6月
　　详情见第1话、第2话
　　某日零号机进行连动实验失控，零身受重伤。
　　某日下午12时30分，第三使徒来袭。同日午夜初号机暴走，以压倒性战力打败第3使徒。初号机大破。
　　美理正式成为真嗣的监护人，自此时起真嗣转入市立第1中学就读。

　　7月
　　详情见第3、第4话
　　上旬，第四使徒来袭，被初号机歼灭。
　　真嗣离家出走，及后被谍报部寻回。

　　8月
　　详情见第5、第6话
　　月初某日上午9时左右NERV研究第四使徒。
　　某日下午2时左右零号机进行第三次连动实验，实验成功。
　　同日下午，第5使徒在空中出现，并以加粒子炮击败初号机。同日下午2时左右，使徒放出钢钻入侵NERV。美里提出1点突破法，受司令批准。MAGI表示胜率8.7%。
　　下午3时，美里向战自研商借改造阳电子炮，并向日本政府征调全国电力。狙击地点为二子山山顶，计划定名为「屋岛作战」。
　　下午4时半，真嗣恢复意识。日本政府宣报全国晚上11时30分至明天凌晨大停电。
　　翌日0时00分，作战开始。
　　同日0时06左右分使徒钻穿22层防御板。入侵NERV。
　　同日0时07分左右，初号机成功贯穿使徒核心1点，作战成功。零号机大破。
　　零，向真嗣露出第1次笑容，天使之颜。

　　详情见第7话
　　某周三，Jet Alone完成发表纪念会。纪念会中JA失控，机体自行停止机率0.00002%。同日美里调动F型装备的初号机助其入内，但在核心即将融解之际，系统恢复正常，JA沉默。

　　详情见第8话
　　28日太平洋舰队上，舰队上运载贰号机与ADAM。同日下午第6使徒来袭，贰号机华丽登场。最终使徒被战舰以零距离消灭。加持则已经预先带同ADAM乘坐YAK38改战机离开。
　　29日明日香进入市立第1中学2年A班就读。

　　9月
　　详情见第9话
　　5日上午10时33分，初次拥有合体分离能力的第7使徒来袭。同日上午10时58分15秒初号机及贰号机被分离使徒打败，随后上午11时5分，国连空军利用N2地雷成功炸毁使徒甲表面物质28.00102289%及使徒乙表面物质27.99589782%，使徒停止活动6天。
　　9月6日明日香搬进美里住宅与真嗣进行特训。但至9月8日方与真嗣开始「正式」进行特训3天。9月11日上午初号机及贰号机联合出击,消灭了使徒。

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详情见第10话
　　9月下旬，NERV在浅间火山口发现第8使徒幼体。同日NERV发布A-17训令，以捕捉使徒为最优先，由贰号机采用D型装备执行任务。由于使徒突然加速孵化成长，作战计划改为消灭使徒，同日下午击败使徒 。

　　10月
　　详情见第11话
　　月初某周五，上午10时30分，零号机改进行第2次延长活动实验，机体亦复修完毕，涂装改为蓝色。
　　NERV本部大停电，疑人为破坏因素所导致。同时，第9使徒在旧热海登陆，向第3新东京市方向前进。NERV发出D-17训令，疏散第3新东京市半径50公里的市民，包括总部内的非战斗员及D级以下职员。三部EVA首次同时出动，并于当日击灭使徒。

　　详情见12话
　　中旬，源堂和冬月自南极运送朗基奴斯长枪回本部。第10使徒在卫星轨道出现，以带AT力场的分体进行攻击，美里打算利用三架EVA直接阻止使徒下降，翌日作战成功，使徒消灭。初号机大破。真嗣第1次受到父亲的赞美。美里向真嗣说出加入NERV的经过。

　　11月
　　详情见第13话
　　上旬某日约上午11时，三位适任者进行直接以身体同步实验，途中MAGI被11使徒入侵，并执行自爆系统，下午1时左右律子从CASPER传送自灭促进程式，消灭使徒。源堂对SEELE否认有入侵的事件。

　　详情见第14话
　　上旬某日，真嗣进行第1次机体互乘实验，结果由于零号机受到精神污染失控。真嗣则于同日恢复意识。

　　详情见第15话
　　某周日，唯之忌日，真嗣与源堂到坟前拜祭。深夜，明日香与真嗣尝试接吻；街上，美里与加持相吻。
　　翌日，零在本部深度地底设备中央部，地下2800公尺处试验DUMMY System。
　　最终教义区，加持被美理洞悉了真正身份，加持将天堂之门打开，看见巨人亚当，实际上是LILITH。

　　详情见第16话
　　月底，真嗣的同步率终于超越明日香，令明日香大怒。

　　12月
　　月初某日，第12使徒来袭，初号机被使徒的迪拉克之海吞没，翌日清晨，于N2爆雷投下前60秒，初号机在没有供电力情况下再起动，出现暴走状态，消灭12使徒。

　　详情见第17，第18话
　　上旬，第三新东京市伪装迎击系统完成。某日清晨，北美第2支部消失，连带EVA肆号机、S^2机关及半径49公里的研究设施全部消灭。
　　实验DUMMY Plug试作型开发完成。
　　下午确认第四适格者为铃原冬治。叁号机运送至日本本部，其已被使徒寄生。起动实验中发生事故，被作成10三使徒处理，初号机初次使用DUMMY System，将使徒肢解。

　　详情见第20，第21话
　　真嗣知道第四适格者是冬治，大怒要破坏NERV，后因被提高LCL浓度而昏迷，真嗣被拖出驾驶舱。  
　　三天后，失去左脚的冬治恢复意识。真嗣离开NERV，适格者资格取消。
　　当日，第14使徒来袭，1次攻势毁掉总部18层特殊装甲，进入地下都市，击毁贰号机。零驾驶零号机进行自杀式攻击无效，大破。使徒入侵主轴，进入终极大垂直沟。千钧一发之际，初号机阻止了使徒的攻势。随即初号机达到活动极限，使徒反击。生死存亡之间，初号机再起动，初号机暴走攻击并吃掉使徒，将S^2机关据为己有。
　　真嗣与初号机同步率400%，完全融于LCL中，隔日救援真嗣行动展开。使徒击灭27日后，成功救回真嗣。源堂将亚当植入右手。 三日后，加持将内藏第2次冲击的秘密胶囊交给美里。

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2016年  
　　1月
　　详见第21话
　　下旬，冬月在地下都市西区第8区失去消息，其被抓去SEELE审问，冬月被加持救回，下午，加持被枪杀身亡。美理受到侦讯。

　　2月
　　详情见第22话
　　上旬，第15使徒来袭，并向贰号机进行心理攻击，明日香崩溃，完全失去战斗意志，贰号机沉默。零号机以朗基奴斯长枪消灭目标。

　　详情见第23话
　　中旬，第16使徒来袭，零号机自爆与使徒同归于尽。三人目零登场。
　　几天后，美理解开胶囊，决心继承加持的心意，追查补完真相。
　　因被源堂出卖，律子破坏DUMMY System。

　　详情见第24话
　　下旬，明日香失踪，七日后，被谍报部2课寻回。第五适格者渚薰抵达NERV。

　　3月

　　剧场版25话、26话AIR．真心为你。

　　上旬，某日上午5时59分，美理终于知道第2次冲击的秘密。
　　律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。
　　同日，SEELE颁报A-801训令，取消NERV本部所有特权。 战自大队入侵，源堂宣报全员进入第1战斗态势。
　　第三新东京市遭到N^2爆雷疯狂轰炸，连同天顶都市消失。
　　7时23分23秒，于46通道发现真嗣。美理出发救援。 明日香被运往贰号机，发射上70米深的湖底。 成功救回真嗣，并带真嗣往初号机而去。

　　明日香觉醒，向战自发动反击。 美理在第6紧急电梯入口被枪击受伤。 美理对真治献出最后一吻，之后真治乘电梯到第7收容处。
　　约2分钟后，律子意图执行自爆系统，但失败。
　　2分钟后，贰号机大战EVA量产机。
　　美理被炸死，享年29岁。
　　律子被源堂枪杀身亡，享年31岁。 源堂意图令ADAM与LILITH融合。
　　贰号机击败EVA量产机，电源用尽， EVA量产机再起动，并将贰号机肢解。
　　初号机自行启动，真嗣乘坐其中。朗基奴斯之枪从大气层飞回初号机前。“仪式”开始进行。
　　EVA量产机在初号机身上刻上圣痕，与初号机形成了Tree of Sephirot。
　　S^2机关解放，释放高能量爆炸，战自大队全灭。
　　地下都市回归真实面貌，LILITH之卵，黑之月出现。
　　第18使徒出现。零背叛源堂，自行和LILITH融合，源堂失去右手。
　　EVA量产机与零同化。真嗣心理图混乱。初号机与朗基奴斯之枪同化，形成生命之树。反AT力场增大，生物已无法保持形态。补完计划最后阶段。灵魂之屋开启，全人类形体化成LCL。真嗣放弃补完计划，走出第18使徒。

　　最后，地球出现生命之海。真嗣和明日香存活于世。