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导致人类总人口半数死去的战乱时代早已过去，至今已过了三年的岁月。
　　在祸乱余生中重新站起的人们，蹒跚步履，向着新的未来前进。地球上、宇宙中，人们开始了文明的修复。因自己造成的疤痕，又将因自己的双手而抹去。这是在人类的历史中，重复过无数次的命运。
　　三年前那一天，也就是宇宙世纪0080年的1月1日，伴随着阿·巴瓦·库的陷落，临时成立的政府——吉翁共和国与地球联邦军缔结了终战协议。然而事实上，谁都清楚，这只是吉翁共和国的无条件投降仪式。
　　但是，历史历来是胜利者的玩具，谁也不会无聊得去倾听败者们落寞之声。
　　长达一年的吉翁独立战争，暂时有了个了断。但是又有谁能预测得到，和平只是短暂的，谁也未能预知到的新的战争火种正在蓄势待发中……

　　宇宙世纪0083年，这注定是不平凡的一年。
　　新的威胁来源于欧洲地中海中的巴多斯岛，那里原本只是爱琴海中一座沉寂已久的小岛，就在三年前的大战结束后，渐渐恢复秩序的联邦政府中开始重视其一份科学考古队的报告书。按照报告书上所述，这只考古队在这座巴多斯岛上发现了疑似古代超文明的遗迹，并希望联邦政府能对考察队的研究工作提供支持。联邦政府也对这个考古队做出了亲善的回应。
　　这件事一开始得到了社会各地的关注，但是就像历史上种种考古队的工作成果上那样，如果没有特别的发现，他也未能逃脱渐渐淡离人们视线的厄运。然而就在一年前，考古队中一位名为兜十藏的科学家以近似狼狈的模样逃离了巴多斯岛屿，并与联邦政府接洽。根据他带回的报告，这个遗迹与超古代文明迈锡尼帝国有关，而考古队在遗迹深处甚至发现了远超目前科技水准的机器人残骸。但谁也没有想到，考古队的领导者——地狱博士是一个邪恶的天才科学家，当他意识到这个遗迹的科学价值后，他并没有第一时间报告给联邦军政府，还隐瞒了这些东西，并率领考古队中有曾经从事过机甲方面研究的考古队员们将遗迹中的机器人复原，兜十藏博士就是其中的一人。原本他们也被地狱博士的蒙蔽，但后来他们发现，地狱博士可能是想要建造一支属于自己的机器人军团。参与复原工作的科学家们开始想办法逃离岛屿，誓要把岛上的真实情况带给外边的世界。然而事情败露，最终只有兜十藏一人死里逃生。
联邦政府在得到消息后，立即与岛上进行了联络，然而联络的结果是岛上的人说兜十藏疯了，最终无法拿出证据的政府对此事件不了了之。

　　很快，三年的时间过去了，但是在短短不到两月的时间里，联邦军先后遭到了三次重大的打击，先是地狱博士真的叛变了，他率领的机械兽以碾压的方式扫荡了联邦军的各处军事要塞，联邦军主力的量产型机动战士完全无法与其抗衡。随后，名为恐龙帝国的神秘地底势力也突然出现，其展现的军事力量更是来势凶猛，对地球联邦军和地狱博士的机械兽进行了无差别的攻击。就在联邦军认为那边的双方将战局拖延，可以有时间喘息之时，一群潜伏在黑暗宇宙中的吉翁公国军的战士们，高喊着“吉翁万岁”突然出现在了联邦政府的视野内。原本是作为试验机的高达GP02在澳大利亚的特林顿基地被这群自称迪拉兹的吉翁残党抢走，更让联邦感到恐慌的是，那台高达上搭载着足以毁天灭地的核弹头武器……

　　每当人类面临危机之时，自然会有英雄的诞生。
　　在这种危急情况下，那支在一年战争时期立下赫赫战功的传奇部队——第13独立部队重新集结。
　　而在极东基地的日本，当年被世人成为疯子的老人回到富士山的故乡，为了对抗即将到来的威胁，开发出了秘密武器魔神Z。而一台搭载了名为盖塔线的新能源的机器人——盖塔机器人也因为其是恐龙帝国唯一克星的关系而开始被联邦政府所重视。
　　这些无穷的战力因为这场人类面临的浩劫而集结在了一起。
　　战争似乎出现了一点点扭转的局势……
　　如今，这支已经注入了新鲜血液的第13独立部队，向着一年战争时那个伟大的战场——所罗门进发之中……