游戏的剧本原型来自于日本恐怖小说《寄生前夜》
寄生前夜1的时间在小说中的事件之后，背景则从日本迁到了美国。这次线粒体选择了游戏主角AYA的姐姐MAYA为寄主。因为一次车祸导致了MAYA的丧生，之后MAYA的肾脏被移植给了梅里沙，角膜则移植给了天生视力不好的妹妹，从而进化的线粒体就分别寄生在了两个人身上，同时线粒体也选择了两条不同的进化方向：是毁灭,还是共生？情节就围绕着这个主题来展开，全作分为六天，事件的铺陈推展层次错落分明，预期中的高潮相当精彩。故事本事也非常完整，第一结局更是典型的美式风格，虽然老套，但是却留给了玩家无尽的韵味。二周目以后出现77层大楼，BOSS是仍然留在MAYA（遗）体内继续进化的原始线粒体，打败她后出现第二结局，一个温馨的结局……