U.C.0070年9月,作为联邦军70年代军备增强计划中重要的一环,麦哲伦级战舰与萨拉米斯级巡洋舰等新型的宇宙舰艇作为联邦军的主力舰艇开始服役。据战略战术大图鉴的记载,标准的麦哲伦级战舰全长265.0米、全宽67.1米、全高80.2米,重量为22000吨;武器则有二连装MAGA粒子炮7门、二连装机炮14门以及导弹等,是典型的“大炮巨舰主义”的产物。
U.C.0079年1月15日至16日,在SIDE5鲁姆殖民区进行了宇宙历史上第一次大规模会战——鲁姆战役。麦哲伦级战舰阿南克号,就是当时的联邦军第二舰队(司令为雷维尔中将)的核心及第一联合舰队的旗舰;而涅雷得号则是第一联合舰队次席司令官罗德尼·卡宁甘准将的座舰。
16日3时10分,阿南克迎来了其悲惨的命运,被吉恩军的MS击沉。搭乘于其上的雷维尔中将在转移时因被吉恩军的MS部队——“黑色三连星”发现而被俘。在以为雷维尔中将已死的情况下,卡宁甘准将接任指挥官一职,为了掩护部队的后撤,毅然决定与其座舰“涅雷得号”独自断后。“涅雷得号”将MEGA粒子炮狂射至炮身被MEGA粒子所散发的热力所融化,最终舰身先后被8发光束炮及4枚大型飞弹命中而沉没。
U.C.0079年12月26日,以雷维尔大将所乘坐的麦哲伦级战舰“菲贝号”为核心的联邦军第一联合舰队到达金米岛(刚由旧所罗门要塞改名而得)。29日,为进行阿·巴瓦·库攻略战,第一联合舰队从金米岛出港。次日9时5分,“菲贝号”在与前来进行和谈的德金公王所乘坐的“德金大帝号”接舷时,被吉恩的太阳能激光炮一击命中,化为宇宙的尘埃。
因设计麦哲伦级战舰时联邦军尚无MS的概念,所以在一年战争前期和中期麦哲伦级战舰都是无法搭载MS的;但由于麦哲伦级战舰的性能差强人意,自一年战争后期开始曾多次针对其弱点而加以改良。第一次新吉恩战争之后,由于方方面面的原因,曾经辉煌一时的麦哲伦级战舰逐渐退出了历史的舞台。