| プロローグA | ブラックリベリオン |
ガウェイン（ゼロ）
紅蓮弐式（カレン）
月下（藤堂）
無頼（玉城） |
| プロローグB | ガンダム殲滅指令 |
・前半MAP
ガンダムエクシア（刹那）
ガンダムキュリオス（アレルヤ）
ガンダムナドレ（ティエリア）
| ・後半MAP
ウィングガンダム（ヒイロ）
ガンダムヘビーアームズ（トロワ）
ガンダムサンドロック（カトル）
ガンダムデスサイズ（デュオ）
シェンロンガンダム（五飛） |
| プロローグC | 世界最後の日 |
ダイグレン（ダヤッカ）
グレンラガン（シモン）
真ゲッター1（竜馬）
ヨーコMタンク（ヨーコ）
キングキタン（キタン） |
| 第1話 | ファイティング・ガール |
ブラスタEs（エスター）
ガンダムデスサイズ（デュオ）
ガンダムサンドロック（カトル） |
| 第2話 | 逃亡者 |
紅蓮弐式甲壱型腕装備（カレン）
無頼（C.C.） |
| 第3話 | 太陽の使者・鉄人28号 |
鉄人28号（正太郎）
VF-25Fメサイア（アルト）
RVF-25メサイア（ルカ）
VF-27γルシファー（ブレラ） |
| 分岐 | 日本ルート | 宇宙ルート | 中東ルート | クメンルート |
| 鉄人28号 | マクロスF | ガンダムW | コードギアス |
| 第4話 | 竹尾ゼネラルカンパニー奮戦記 | セカンド・カミング | 迷える戦士達 | アッセンブルEX-10 |
ザンボット3（勝平）
トライダーG7（ワッ太）
シャトル（柿小路）
ガンダムDX（ガロード）
キングゲイナー（ゲイナー）
パンサー（サラ）
| マクロス･クォーター（ジェフリー）
VF-25Sメサイア（オズマ）
VF-25Gメサイア（ミシェル）
ソーラーアクエリオン（アポロ）
クァドラン・レア（クラン）（クリア後）
VB-6ケーニッヒモンスターS（カナリア）（クリア後） | ガンダムヘビーアームズ（トロワ）
リーオー（ヒイロ）
ガンダムエクシアリペア（刹那） | マーシィドッグ（キリコ）
ダイビングビートル（カン・ユー）
ダイビングビートル（ポタリア）
ダイビングビートル（キデーラ）
ベルゼルガ（シャッコ） |
| 第5話 | 広報2課の憂鬱 | トゥウインクル・スター | OZとアロウズ | 渦中 |
| ダイ・ガード（赤木） | ガンダムエクシアリペア（刹那） | シェンロンガンダム（五飛） | 限定顔グラ＆カットイン（カレン） |
| 第6話 | 登場！ ドイツの鬼伯爵！ | 忍び寄る脅威 | 彷徨う天使達 | 介入 |
マジンガーZ（甲児）
ビューナスA（さやか）
ガンダムエクシアリペア（刹那） | VF-25Fメサイア・SP
VF-25Gメサイア・SP
RVF-25メサイア・SP
VF-25Sメサイア・AP
ガイヤー（タケル）
コスモクラッシャー（ケンジ） | セラヴィーガンダム（ティエリア） | ガンダムエクシアリペア（刹那）
ダイビングビートル（カン・ユー） |
| 第7話 | 対決！悲しみの青きドナウ！ | 次元歪曲宙域 | 反逆の翼 | 暗転 |
| ・クリア後、宇宙ルート組と合流 | バルディオス（マリン）
VF-25Fメサイア・TP
VF-25Gメサイア・TP
VF-25Sメサイア・AP（オズマ）
RVF-25メサイア・SP（ルカ）
・クリア後、日本ルート組と合流 | Zガンダム（カミーユ）
メタス（ファ）
ウイングガンダム（ヒイロ）
デスティニーガンダム（シン）
フォースインパルスガンダム（ルナマリア）
・クリア後、クメン組と合流 | ブルーティッシュドッグ（フィアナ）
ダイビングビートル（ポタリア）
ダイビングビートル（キデーラ）
ベルゼルガ（シャッコ）
・クリア後、中東組と合流 |
| 合流 | 日本/宇宙ルート | 中東/クメンルート |
| 第8話 | 嵐の予兆 | ツインドライヴ |
| ガンダムエクシアリペア（刹那）
ダブルオーガンダム（刹那） |
| 第9話 | ぼくらはみんな生きている | 魔神が目覚める日 |
ソルグラヴィオン（斗牙）
グラントルーパー（フェイ） | 無頼（C.C.）
無頼（ゼロ）
限定顔グラ＆カットイン（カレン） |
| 第10話 | 平穏との別離 | もう一人のロックオン |
VF-27γルシファー（ブレラ）
ノヴァイーグル（葵）
ダンクーガノヴァ（葵） | ケルディムガンダム（ロックオン）
プトレマイオス2（スメラギ）
百式（クワトロ）（NPC）
トールギス（ゼクス）（NPC）
パールネイル（マルグリット）（NPC） |
| 第11話 | 扉の向こうから | アレルヤ奪還作戦 |
| パールネイル（マルグリット）（NPC） | アリオスガンダム（アレルヤ） |
| 第12話 | 悪意と嘘を越えて | 百万のキセキ |
| 紅蓮弐式甲壱腕型装備（カレン）
紅蓮可翔式（カレン）
斬月（藤堂）
暁直参仕様（朝比奈）
暁直参仕様（千葉）
暁直参仕様（C.C.）
イカルガ（ゼロ） |
| 第13話 | 時空震動、再び | 戦雲の扉 |
| バルゴラ・グローリー（セツコ） | バルゴラ・グローリー（セツコ） |
| 第14話 | 動き出す世界 | 与えられた力 |
スコープドッグRSC（キリコ）
Zガンダム（カミーユ）
ウイングガンダム（ヒイロ）
ガンダムヘビーアームズ（トロワ）
デスティニーガンダム（シン）
ダブルオーガンダム（刹那）
ケルディムガンダム（ロックオン）
アリオスガンダム（アレルヤ）
セラヴィーガンダム（ティエリア）
プトレマイオス2（スメラギ）)
紅蓮可翔式（カレン）
暁直参仕様（C.C.）
イカルガ（ゼロ）
・クリア後、中東/クメン組合流 | ザンボット3（勝平）
トライダーG7（ワッ太）
バルディオス（マリン）
鉄人28号（正太郎）
ガイヤー（タケル）
ガンダムDX（ガロード）
ダンクーガノヴァ（葵）
VF-25Fメサイア・TP（アルト）
マクロス・クォーター（ジェフリー）
マジンガーZ（甲児）
ダイ・ガード（赤木）
キングゲイナー（ゲイナー）
ソルグラヴィオン（斗牙）
ソーラーアクエリオン（アポロ）
ガンダムヘビーアームズ（トロワ）（クリア後）
・クリア後、日本/宇宙組合流 |
| 第15話 | マン・アズ・ビフォー |
| ブラスタ（クロウ） |
| 第16話 | 次元の心央 |
| バルゴラ・グローリー（セツコ）（クリア後） |
| 第17話 | 朱禁城の花嫁 |
蜃気楼（ゼロ）
シェンロンガンダム（五飛）
神虎（星刻） |
| 第18話 | アッシュフォード・ラプソディ |
ランスロット・コンクエスター（スザク）
トリスタン（ジノ）
モルドレッド（アーニャ） |
| 第19話 | それぞれの戦場 |
トールギス（ゼクス）
ウイングガンダム（ヒイロ）（クリア後） |
| 第20話 | 白と黒と |
ベルゼルガ（シャッコ）
ビッグオー（ロジャー）
∀ガンダム（ロラン）
エンペランザ（ゲイン）
ドミネーター（シンシア） |
| 分岐 | 地上ルート | 宇宙ルート |
コードギアス
ボトムズ
トライダーG7
ダイ・ガード
鉄人28号
マジンガー
キングゲイナー
ガンダムX
∀ガンダム
ビッグオー | マクロスF
ガンダム00
ガンダムW
Zガンダム
ガンダムSEED DESTINY
アクエリオン
グラヴィオンツヴァイ
バルディオス
ゴッドマーズ
ダンクーガノヴァ |
| 第21話 | 時の流れに | 伝説の歌声 |
タワー（隼人）
グラパール（ギミー）
グラパール（ダリー） | VF-19改Fバルキリー（バサラ）（NPC） |
| 第22話 | 出撃！！ 新たなる戦士たち！ | ランカ・アタック |
真ゲッター1（號）
ステルバー（シュワルツ）
真ゲッター1, 2, 3（號、渓、凱）（クリア後） | ガンダムサンドロック（カトル）(開始前)
VF-27γルシファー（ブレラ）
VF-19改Fバルキリー（バサラ）
VF-22S SボーゲルII（ガムリン） |
| 第23話 | あなたは何もわかっていない | 悲しみのカトル |
グレンラガン（シモン）
ウォーカーギャリア（ジロン）
ザブングル（エルチ） | ストライクフリーダム（キラ）
∞ジャスティス（アスラン）
ガンダムデスサイズ（デュオ）(クリア後)
シェンロンガンダム（五飛）(クリア後) |
| 第24話 | あなたはもう必要ないのです | ゼロと呼ばれたG |
真ゲッター1, 2, 3(「真ゲッターチェンジアタック」武器追加)
・クリア後、宇宙ルート組と合流 | プトレマイオス2（サブパイロット「アニュー」追加）（開始前）
ガンダムデスサイズヘル（デュオ）
ガンダムサンドロック改（カトル）
アルトロンガンダム（五飛）
トーラス（ヒルデ）
・クリア後、地上ルート組と合流 |
| 第25話 | 終わらない約束 |
ニルヴァーシュspec2（レントン）
ガンレオン（ランド）
ブラスタEs（エスター） |
| 第26話 | 冥府への転落 |
ボスボロット（ボス）
限定戦闘：あしゅら援護攻撃
VF-19改Fバルキリー（バサラ）（クリア後）
VF-22S SボーゲルII（ガムリン）（クリア後） |
| 第27話 | ゼロVSゼロ |
| |
| 第28話 | 暗黒よりの使者 |
ブラックオックス（ブラックオックス）（NPC）
ゴッドシグマ（闘志也） |
| 第29話 | 戦士達の叫び |
ガンダムエピオン（ヒイロ）（ゼロシステム発動まで）
ダブルオーガンダム
ダブルオーライザー（サブパイロット「沙慈」追加）
アレルヤ（特殊スキル「融合」追加）
Zガンダム（特殊能力「バイオセンサー」追加）
ウイングガンダムゼロ（ヒイロ）
トーラス（ノイン）
ガンダムヘビーアームズ改（トロワ）
トーラス（ヒルデ）カラー変更（クリア後） |
| 第30話 | 一点突破 |
オーガス（桂）(開始前)
ガンレオン（ランド）（クリア後） |
| 第31話 | ジ・アンブレイカブル |
ブラスタ（クロウ）
アクシオ・スコートSPⅡ（クロウ）（乗換えイベント発生まで）
リ・ブラスタ （クロウ） |
| 分岐 | 地上ルート | 宇宙ルート |
ザンボット3
ダイターン3
トライダーG7
ダイ・ガード
鉄人28号
マジンガーZ
キングゲイナー
ゴッドシグマ
バルディオス
ビッグオー
ゴッドマーズ
ザブングル
ボトムズ
ゲッター
グラヴィオン
ダンクーガノヴァ
グレンラガン
コードギアス | マクロスF
マクロス7
ガンダム00
ガンダムW
Zガンダム
ガンダムSEED DESTINY
ガンダムX
∀ガンダム
オーガス
エウレカセブン
アクエリオン |
| 第32話 | 奪われた鉄人 | メメントモリ攻略戦 |
ブラックオックス（ブラックオックス）
コクボウガー（飯塚）
ドナウα1（ローレライ）
鉄人28号(「鉄人フルパワー」武器追加) | ダブルオーライザー(「トランザムライザーソード」武器追加)
ケルディムガンダム(「GNヘビーウェポン」「トランザム(連続攻撃)」武器追加)
セラヴィーガンダム(「GNヘビーウェポン」武器追加)
アリオスガンダム(「GNヘビーウェポン」武器追加)
νガンダム（アムロ） |
| 第33話 | ブラック・アヴェンジャー | 散りゆく光の中で |
| ブラックゲッター（竜馬） | アリオスガンダム(「アーチャー連携攻撃」武器追加)
∀ガンダム(「月光蝶」武器追加)
ティエレン全領域対応型（セルゲイ）（NPC）
ガンダムエピオン（ミリアルド）（NPC）
GN-XIII（アンドレイ）（NPC）
GN-XIII（コーラサワー）（NPC）
アヘッド（スマルトロン）（ルイス）（NPC） |
| 第34話 | 亡者再臨 | 白き牙 |
R-ダイガン（エイーダ）（超獣合神まで）
ファイナルダンクーガ（忍）
ダンクーガノヴァ（葵）
ダンクーガノヴァマックスゴッド（葵） | 百式（クワトロ）
アニュー |
| 第35話 | 昨日への決別 | 明日へのあがき |
シュロウガ（アサキム）
キングゲイナー(「オーバーヒート」武器追加)
・クリア後、宇宙ルートと合流 | シュロウガ（アサキム）
・クリア後、地上ルートと合流 |
| 第36話 | 加速する世界 |
スモー（ゴールドタイプ）（ハリー）
ガンダムエアマスターバースト（ウィッツ）
ガンダムレオパルドデストロイ（ロアビィ）
エターナル（ラクス）
ガンダムXディバイダー（ジャミル）
ジェニス改エニルカスタム（エニル）
ガンダムDX
ガンダムDX+Gファルコン（サブパイロット「パーラ」追加）
パールネイル（マルグリット）
デスティニーガンダム(「フルウェポン・コンビネーション」武器追加)（クリア後） |
| 第37話 | 銀河をステージに |
VF-19改FバルキリーF(「DYNAMITE EXPLOSION」武器追加)
VF-22S SボーゲルIIF(「DYNAMITE EXPLOSION」合体攻撃追加) |
| 分岐 | 暗黒大陸ルート | エリア11ルート |
| コードギアス系、ウイングガンダムゼロ（ヒイロ）以外のメンバー全員 | コードギアス系
ウイングガンダムゼロ（ヒイロ） |
| 第38話 | 告げられる絶望 | 過去からの刺客 |
・前半MAP
ヨマコ（ヨマコ）
・後半MAP
ウォーカーギャリア（「ICBM投げ」武器追加）
ダイターン3（万丈）
グレンラガン（サブパイロット「ヴィラル」追加）（「Wブーメランスパイラル」、「ギガドリルマキシマム」武器追加） | 紅蓮可翔式（カレン）
神虎（星刻） |
| 第39話 | 禁断の継承者 |
ヴィンセント可翔式（ロロ）
サザーランド（ジェレミア）
スコープドッグ（キリコ）(クリア後）
暁直参仕様（C.C.）(クリア後） |
| 第40話 | 歌え、誰かのために |
紅蓮聖天八極式（カレン）
オーガス（「オーガス・コンビネーション」武器追加） |
| 分岐 | 日本ルート | フロンティア船団ルート |
ザンボット3
ダイターン3
トライダーG7
ダイ・ガード
鉄人28号
マジンガーZ
キングゲイナー
ゴッドシグマ
バルディオス
ビッグオー
ゴッドマーズ
ザブングル
ゲッター
グラヴィオン
ダンクーガ、ダンクーガノヴァ
アクエリオン
グレンラガン | マクロスF
マクロス7
ガンダム00
ガンダムW
Zガンダム
ガンダムSEED DESTINY
ガンダムX
∀ガンダム
オーガス
コードギアス
ボトムズ
エウレカセブン |
| 第41話 | 遺恨！ くろがね屋の一番長い日！ | トライアングラー |
ボスボロット（ボス）
ビューナスA（「マジンガー軍団一斉攻撃」武器追加）
マジンガーZ（ゴッドスクランダー）（甲児） | ・前半MAP
アーマードクラン（クラン）
VF-22S SボーゲルII(「大型対艦反応弾」武器追加)（クリア後）
VF-25Fメサイア(「反応弾」「MDE弾」武器追加)（クリア後）
VF-25Gメサイア(「反応弾」「MDE弾」武器追加)（クリア後） |
| 第42話 | 父ちゃんから受け継いだもの | 異能者 |
シャトル（柿小路）
シャトル（新）（柿小路）
トライダーG7(「トライダー・ルアー」武器追加)
ザンボット3(「コンビネーション・アタック」武器追加)
バルディオス(「バルディロイザー」武器追加)
ゴッドシグマ(「トリニティウイング」武器追加)
ダイ・ガード(「グレートノットパニッシャー」武器追加) | スコープドッグRM（キリコ）（NPC）
ベルゼルガ（シャッコ）（クリア後）
ブルーティッシュドッグ（フィアナ）（クリア後）
スコープドッグTC・LRS(グレゴルー）（クリア後） |
| 第43話 | 闇を断つ牙 | 修羅 |
ゴッドΣグラヴィオン（サンドマン）
ドラゴンズハイヴ（F.S. ）
ダンクーガ（「ファイナル断空光牙剣」武器追加） | ・後半MAP
ラビドリードッグ（キリコ）
スコープドッグTC・ISS（クリア後）
スコープドッグ（クリア後）
暁直参仕様（C.C.）（クリア後） |
| 第44話 | 降臨！！ 終末を呼ぶ邪神！ |
ヨーコMタンク(ヨーコ)
キングキタン(キタン)
グラパール(「スピンバリヤー弾ライフル」武器追加)
タワー（敷島）
真ゲッター1, 2, 3（號、渓、凱）
真ゲッター1, 2, 3（竜馬、隼人、弁慶）
ソーラーアクエリオン(「太陽剣」武器追加)
真ゲッター1(「ストナーサンシャイン」武器追加)
ステルバー(「スーパーロボット軍団一斉攻撃」武器追加)（クリア後）
ブラックゲッター（3人乗り可能）（クリア後） |
| 第45話 | 次元力 |
リ・ブラスタ(「アンブレイカブル・フルクラム」武器追加)
パールネイル（マルグリット）（クリア後） |
| 第46話 | 失われし聖王国 |
ニルヴァーシュ specV（レントン）
ビッグオー(「ファイナル・ステージ」武器追加)
ブラスタEs（エスター） |
| 第47話 | 死線！ 総攻撃Dr.ヘル！ |
| マジンガーZ(「ロケットパンチ百連発」武器追加) |
| 第48話 | ゴッドブレス・ユニバース |
ダンクーガ、ダンクーガノヴァ(「断空双牙剣」武器追加)
コスモクラッシャー（サブパイロット「ロゼ」追加） |
| 第49話 | ゼロとルルーシュ |
・原作再現ルート入り
サザーランド・ジーク（ジェレミア）
ヴィンセント可翔式（ロロ)
蜃気楼（ゼロ）（クリア後）
暁直参仕様（C.C.）（クリア後）
・ifルート入り
サザーランド・ジーク（ジェレミア）
ヴィンセント可翔式（ロロ) |
| 分岐 | 原作再現ルート | ifルート |
| ゼロを信じない（ゼロポイント〇未満） | ゼロを信じてみる（ゼロポイント〇以上） |
| 第50話 | 皇帝失格 | 超合集国決議第壱号 |
・前半MAP
蜃気楼（ゼロ） | |
| 第51話 | シュナイゼルの仮面 | 戦乱の王ピースクラフト |
| ランスロット・アルビオン（スザク） |
| 第52話 | 混迷の戦場 | 決死のエンドゲーム |
| ランスロット・フロンティア（C.C.）（出撃前） |
| 第53話 | 堕ちてくる月 | 最後の勝利者 |
アークグレン（ダヤッカ）
グレンラガン(「バーストスピニングパンチ」武器追加) | |
| 第54話 | 絶望の世界 | 決戦！！果てなき進化へ！ |
・前半MAP
アークグレン（ダヤッカ）
真ゲッタードラゴン（號）
バルゴラ・グローリー（セツコ）（EN、運動性強化＆一部武器攻撃力増加状態）
ガンレオン（ランド）（「ペイン・シャウター」「ザ・ヒートクラッシャー」武器追加状態）
ゴッドマーズ（「スーパーファイナルゴッドマーズ」武器追加）
VF-25SメサイアF・AP（オズマ）(「MDE弾」「反応弾」武器追加状態)（クリア後）
RVF-25メサイアF・SP（ルカ）(「MDE弾」「反応弾」武器追加状態)（クリア後） | 真ゲッタードラゴン（號）
バルゴラ・グローリー（セツコ）（EN、運動性強化＆一部武器攻撃力増加状態）
ガンレオン（ランド）（「ペイン・シャウター」「ザ・ヒートクラッシャー」武器追加状態）
VF-25SメサイアF・AP（オズマ）(「MDE弾」「反応弾」武器追加状態)
RVF-25メサイアF・SP（ルカ）(「MDE弾」「反応弾」武器追加状態)
トリスタン・ディバイダー（ジノ）
モルドレッド(アーニャ)
ターミナス 303 SP（ホランド） |
| 第55話 | アナタノオト | 復活の暗黒神 |
VF-27γルシファー（ブレラ）
YF-29 デュランダル（アルト）
マクロス・クォーター強攻型（「マクロスアタック」武器追加）
RVF-25メサイア（「ゴースト・ユダシステム」武器追加）
VF-25FメサイアF（アルト機）（換装パーツ「アーマードパック」追加）（クリア後） | アークグレン（ダヤッカ）
グレンラガン(「バーストスピニングパンチ」武器追加) |
| 第56話 | BEYOND | 奈落への螺旋 |
ガンダムエピオン（ミリアルド）
ランスロット・アルビオン（スザク）
刹那（特殊スキル「イノベイター」追加） | ・前半MAP
アークグレン（ダヤッカ）
ゴッドマーズ（「スーパーファイナルゴッドマーズ」武器追加） |
| 第57話 | ゼロ・レクイエム | ネクスト・フロンティア |
トリスタン・ディバイダー（ジノ）
モルドレッド(アーニャ)
蜃気楼（ゼロ）（クリア後）
ランスロット・フロンティア（C.C.）（クリア後）
ランスロット・アルビオン（スザク）（クリア後）
サザーランド・ジーク（ジェレミア）（クリア後） | マクロス・クォーター強攻型（「マクロスアタック」武器追加） |
| 第58話 | 閃光！！ 進化の果て！ | 革新 |
| 聖王機ジ・インサー(ユーサー)(NPC) | VF-27γルシファー（ブレラ）
YF-29 デュランダル（アルト）
刹那（特殊スキル「イノベイター」追加）
RVF-25メサイア（「ゴースト・ユダシステム」武器追加）
VF-25FメサイアF（アルト機）（換装パーツ「アーマードパック」追加）（クリア後） |
| 第59話 | 最後の聖王 | 大逆のインサラウム |
| | |
| 最終話 | 再世の未来 | 再世する次元 |
| | |
