终孽剑士

第二夜【声-koe-】

Betterman与机械玩偶间的战斗将觉醒人压在瓦砾下，被救出的萤汰等人在事后见到的是像化石般的Betterman残骸，私下展开调查的麻御小姐发现Betterman残骸的构成部分与人类的肝细胞十分相似，而她成为摩地瓦普的调查员似乎有着很深的个人问题。
来到阿嘉松工业的萤汰见到诸多新奇事物而兴奋不已，很快与性格古怪的阿嘉松社长成为了好朋友。从阿嘉松工业成员的口中萤汰了解到觉醒人和自己身上的秘密，同时也被告知地下游乐场悲剧的真相——阿尔加农（Algernon）。
从觉醒人的录像中大家发现Betterman拥有超乎想象的战斗能力，最后甚至发出了次声波将接卸玩偶破坏成为齑粉，战斗结束后Betterman化为遗留在现场的化石，Betterman变回人形的外貌让火乃纪想起了自己过世的兄长......

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第三夜【宙-sora-】

决定协助调查工作的萤汰在麻御小姐的带领下与火乃纪一起乘上最新锐的飞机向Mode Warp总部进发，虽然萤汰显得非常兴奋但火乃纪却因为一系列的事件而显得疲劳，萤汰感觉拉米亚与火乃纪的兄长真理绪的非常相似让为此烦恼的火乃纪非常生气。
萤汰与麻御小姐谈起Betterman那奇特的身体构造，虽然依靠纱孔罗的能力感知到一些信息，但其本身依然是被重重迷雾包围，这时他们遭到大量安全人偶的袭击。纱孔罗的特殊能力感觉到萤汰等人的危机，但阿嘉松工业却缺乏在高空营救的手段。
就在萤汰为眼前的危机恐慌时，涅普拉以生物不可能达到的飞行速度与高度赶来救援，人偶在他们眼前被粉碎声波化为齑粉，连坠落的飞机也在涅普拉的空气操纵能力下获得拯救，在太阳从海面升起的那一刻这恐怖的一夜终于过去了......

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第四夜【醒-mezame-】

再次乘上飞机的萤汰和火乃纪在可靠的保镖护卫下顺利来到Mode Warp，经检查已确认他拥有出色的Dual implses，一边进行着Duel Kind的训练，萤汰一边过着普通的学生生活，但火乃纪对他依然表现出冷漠的态度（虽然也有吃醋的成份......）。
独自一人留在校园里的火乃纪遭到面具男子的袭击，慌不择路逃进地下的火乃纪被拉米亚救下，面具男子却在他眼前引爆氧气瓶，感觉发生意外的萤汰返回学校碰上了奇怪的发光幻象。被机械人追赶的火乃纪看到青梅竹马的面容后总算露出安心的面容。
纱孔罗的感知能力让阿嘉松工业的众人及时送来了觉醒人，互相对对方释怀的火乃纪和萤汰两人在战斗中的数值再一次提升，轻易打败眼前工程机械的萤汰希望火乃纪在学校时也把自己当青梅竹马对待......

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第五夜【冥-zigoku-】

为对应Algernon在日本不断发生的事件，Mode Warp派来了新的Head Driver翔和枫。与枫一起搭档的萤汰体验着这与众不同的感觉一边在地底游乐场废墟中行走——他们的目的是回收在这里一切有关Algernon的线索，但觉醒人很快失去了联络。
从Mode Warp运来的新型机暴君号展现出与觉醒人截然不同的性能，但暴君号很快也失去了联络，从这异常状况中翔感觉到己方的成员中有人感染了Algernon在一旁悄悄观察他们的动作，来到地底深处的众人见到的是大型电脑和被控制的觉醒人。
暴君号与觉醒人的初次见面却是互相角逐，翔和枫依靠他们本身超能力发动突触弹击令伤害互相抵消并取回了控制权，虽然电脑被幕后黑手引爆，但枫早已使用她的能力将证据记录下来，眼看计划失败而在地底四处游走的社员平地在狂乱中被拉米亚制服。

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第六夜【霊-kodama-】

感染Algernon的平地已经陷入语无伦次的偏执状态，看着这样的社员阿嘉松社长感到一阵心寒，然而事实却证明卡塔斯和地底游乐场的成员也参于到事件中，难道受到Algernon影响的人会在不知觉间进行杀人行为？感到一阵恐惧的阿嘉松社长失态地喊出声来。
为寻找Algernon的根源，萤汰一干人来到一切的根源——印度的阿加高石窟，这里正是火乃纪的家人4年前失踪过世的地方......来到现场的萤汰见到奇怪的巨大蜥蜴，并听到贝希摩特的传说，而应在此等待的ModeWarp研究员却全部失踪......
洞窟内传出的声音让大家看到了自己不愿面对的幻象而失去联络，掉落洞窟底下的萤汰见到了神秘的少女和传说的怪物贝希摩斯，为救下萤汰等人拉米亚变身为涅普拉却完全不是贝希摩斯的对手，涅普拉在贝希摩斯的重拳下被撕下头颅，Betterman败了......

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第七夜【力-forte-】

昏迷的萤汰看见火乃纪的梦境，开始逃避现实的火乃纪回想起从父母口中得到的阿加高石窟的资料变得消沉失去求生的意志，一边鼓舞火乃纪的萤汰在神秘少女的提醒下四处逃跑，在洞窟深处遇上恢复意识的翔等人，麻御小姐猜测贝希摩斯是通过声音令大家看见幻觉。
在千钧一发之际逃过死亡命运的拉米亚在一片花丛中沉睡，意识到自己无法与贝希摩斯匹敌的拉米亚在圣明的引导下在附近找到Forteの实，为拯救萤汰等人再次出现的拉米亚吃下Forteの实被火焰包围成为新的战斗形态Betterman·弗尔特。
拥有强大力量的弗尔特完全无视贝希摩斯发出的攻击给予它致命的打击，最后更是使用Psychic Glory攻击贝希摩斯的物质崩坏点令其产生物质崩坏而毁灭，而萤汰等人则趁着两者互相战斗的空挡使用突触弹击成功逃出生天......

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第八夜【毒-doku-】

从印度回到日本的纱孔罗在清醒后失去lipid channel能力，为治疗纱孔罗和平地而将他们送到最新型的医院中。但特地前往印度的Algernon调查却是完全徒劳无功，唯一的收获就是Animusの花与Betterman的新战斗形态，而阿加高石窟的崩毁令调查变得困难。
萤汰独自一人来到医院探望因为寂寞而变得阴沉的纱孔罗，两人独处时纱孔罗表现出与以往不同的积极，走错房间的萤汰看到一个诡异的房间并被拥有特长指甲的护士袭击。救下他的正是曾在印度见到的少女，被萤汰救下的纱孔罗向他道歉和致谢。
捉住火乃纪的护士们在萤汰和纱孔罗面前唤出植物怪物“沙拉曼达”，昏迷中的纱孔罗不断祈求力量的愿望取回lipid channel，感应到危机的拉米亚以涅普拉的形态出现在医院内，用粉碎声波破坏了敌人，并使用自身的特殊能力治疗中毒的萤汰等人。

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第九夜【海-aqua-】

Betterman频繁出现在萤汰等人面前引起麻御小姐等人的注意，然而当翔驾驶暴君号来到现场时无论护士还是病患都以被人抬走，真实被掩盖在黑暗中......翔与麻御小姐联络后失去了行踪，剩余的众人则需要调查因为不明原因而失去联络的运输货船“轰雷丸”。
与枫组成搭档的火乃纪乘坐暴君号进入轰雷丸内部进行调查，在船内深处她们发现了像蜂巢般被堆积起来的人类胶囊，这时轰雷丸突然发生异变被垂直拖到海中，为拯救她们萤汰与纱孔罗组成拍档进入海中，好不容易打败眼前的怪物却又立即出现更多怪物。
感应到萤汰等人危机的拉米亚吃下Aquaの实变形成为Betterman亚裘亚，这个怪物“利维坦”的真面目是由数十种海洋生物共生变异而成的巨大怪物，吸收其体液的亚裘亚使用了必杀技Psychic·Fuild令其细胞完全死亡，最终成为尸体的利维坦浮出海面看上去就像一座海中孤岛......

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第十夜【蟲-musi-】

阿嘉松工业的社员山和律子在港湾边聊天时遇上了奇怪的老人，他赠予律子一个发出香气的木制铃铛。为调查觉醒人的海中行动模式萤汰等人被迫在工厂过夜，而发生事件的轰雷丸上的人类胶囊全部都被不知名的生物带走，真相再一次被淹没在黑暗中。
吃夜宵的萤汰等人遇上未知的停电，但随之而来的是数之不尽的奇怪虫子，逃跑的阿嘉松先生发现律子持有的铃铛拥有迫退虫子的气味而展开逃跑行动，逃跑中萤汰再次被香缇所救，但也因此与火乃纪和律子分开，感觉到自身无力的萤汰陷入了绝望中。
被萤汰责骂太过自私的阿嘉松先生却在这时鼓励萤汰，无论发生什么事情都要生存下去，并决定利用自己过去制作的失败产品大量制造能够驱赶虫子的气味。赶到纱孔罗身边的拉米亚并没有出手援助萤汰等人，因为萤汰和阿嘉松先生靠着自己的努力拯救了大家......

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第十一夜【霧-nebula-】

经历了前次的虫子袭击事件后火乃纪和律子的心灵都变得疲惫不堪，萤汰在火乃纪的劝说下决定放弃担任觉醒人的Head Driver，而为不再让萤汰等人遇上危险阿嘉松决定向Mode Warp申请新的Head Driver，因为不明原因城市大雾包围，如同这种情景般，人们的内心被各种的感想所包围而变得迷惑......
已经察觉到UMA正体的麻御小姐决定前往北海道生命工学食料研究所BPL，在那里有她的导师梅崎博士，在他的工厂中麻御小姐见到大量在外界不可能见到的食用植物和对动植物的培育方式，但更让人吃惊（反胃）的是他的次世代蛋白质摄取的主题——虫子......
梅崎博士不知为何了解到Betterman的事件，在麻御小姐讲述她的调查结果时梅崎博士却在她面前展示更惊人的事物——大量Animusの花和实，随后麻御小姐在闻到一阵香味后变得失神而如饥似渴般吃起工厂内的虫子，而这时在纱孔罗的能力预知下萤汰等人感觉到不妙的事情正要发生......