终孽剑士

—第02集—【神秘美少女菲妮】

突然出现的少女菲妮显然对身边的一切都很迷茫，并不断问一些奇怪的问题，不能将她放着不管的小邦带着她回到了自己家中。另一方面盗贼团的首领罗素根据部下的报告猜测那个银色的小型ZOIDS就是传说中的“Organoid”。
在小邦与菲妮一起到村外的时候盗贼团袭击了“风殖民地”，盗贼们为抢夺Organoid绑架了玛利亚，试图驾驶ZOIDS与盗贼战斗的小邦被村民们制服，奇怪的是菲妮在众人面前制止了小邦的无谋行动，却又在事后协助小邦逃跑。
在交易时盗贼们果然没有遵守约定，悲剧虽然在小邦的到来下化解，但战斗中小邦却发现重装长牙狮失去了之前的强大性能。在菲妮的祈祷下醒来的奇克与重装长牙狮合为一体爆发出惊人的战斗能力将盗贼击退，而为了不连累村民小邦和菲妮、奇克一起踏上了旅途……

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—第03集—【记忆】

在沙漠中独自行走的小邦和菲妮在陷入流沙中时，被驾驶机动奔狼的流浪佣兵阿帕因所救，在请过两人吃饭过夜后阿帕因不辞而别。在遗迹中小邦和菲妮遭到无人的白色侦察剑龙攻击，在它的猛烈攻击下小邦和菲妮躲进了遗迹深处。
遗迹内的办公室里小邦从发现前人留下的日记中得知，这只白色侦察剑龙虽然已经被抛弃却依然履行自己的任务保护遗迹长达50年之久。为捕捉ZOIDS而来到遗迹的阿帕因与小邦发生冲突，发现小邦拥有Organoid的阿帕因与他交战后迅速撤退。
菲妮与地底的遗迹产生了特殊感应脑海中响起“ZOIDS EVE”这个关键词，与阿帕因的再次交战中小邦被侦察剑龙所救，并在它的帮助下吓退了阿帕因。战斗结束后小邦试图劝说侦察剑龙放弃守护遗迹的任务，但侦察剑龙却摇摇头继续向遗迹前进——对它而言这是记忆中唯一的归所。

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—第04集—【两个保镖】

小邦最爱的柠檬水被菲妮放掉之后他陷入了苦闷中乱发脾气，很快小邦就因为缺水昏倒，来到绿洲的小邦遇上了阿帕因，并因为盗贼的关系决定与阿帕因一起成为雇佣的保镖。小邦并没有猜到盗贼正是之前追击他和奇克的罗素等人。
头脑发热的小邦变得极为冲动，在盗贼来到村子附近时奇克没有听从他的话用湖水令小邦冷静下来，盗贼在小邦和阿帕因的联合攻击下被迅速击败，战斗中的小邦显露出惊人的战斗天赋，为观察他的能力阿帕因离开战场。
重装长牙狮无法与3只ZOIDS同时战斗，冷静下来的小邦想到菲妮那奇特的感应能力，在菲妮的指引下小邦攻击地下水脉引起地盘坍塌，唯一还有战斗力的罗素最后也被阿帕因打倒。虽然小邦对阿帕因在战斗中的行为耿耿于怀，但菲妮却感觉到阿帕因对小邦的信赖感。

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—第05集—【无人军团的陷阱】

拖着受伤的身躯小邦驾驶的重装长牙狮一行人在沙漠中缓慢行走，他遇上了运输商的慕蓓与她同行，不久小邦一行人遭到数只奇袭毒蝎的攻击，突然出现的阿帕因与小邦一起合作才将敌人全数击倒，但重装长牙狮和机动奔狼都受到不小损伤。
从奇袭毒蝎的行动中阿帕因看出对方其实是共和国制的无人ZOIDS，而慕蓓其实正是替帝国运输武器弹药的商人，在遗迹过夜的众人并没发现危机正在接近他们。黎明时阿帕因正打算偷偷摸摸带走奇克，却恰好发现前来袭击的大量奇袭毒蝎。
吸引敌人注意的慕蓓在绝体绝命间被小邦和阿帕因救下，但面对如此数量的敌人重装长牙狮和机动奔狼很快耗尽了弹药，最后慕蓓舍弃了好不容易带来的货物在山谷中将敌人全数歼灭，小邦则负起赔偿的责任成为慕蓓的保镖。

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—第06集—【跳吧!奇克!】

在雷多利班基地附近小邦等人被共和国军队盘查，拥有重装长牙狮和Organoid的小邦因为冲动被哈曼大尉以间谍嫌疑逮捕，得知小邦拥有Organoid的哈曼打算拉拢小邦进入军队，不愿答应的小邦一行人遭到软禁。
阿帕因从军人的态度和慕蓓上次接下的工作猜测最近大概会发生一场大战，在奇克引起的骚动中小邦和阿帕因趁机逃走，但是没有弹药的重装长牙狮和机动奔狼面对拥有飞行能力的飞行迅龙完全处于挨打状态，不愿挨打的小邦靠着攀越崖壁击倒了2只飞行迅龙。
小邦和阿帕因的默契合作最终打败了驾驶飞行迅龙的哈曼大尉，在脱出时看到帝国军动向的哈曼大尉马上开始制定对应计划。而这时在基地内的慕蓓靠着自己过人的生意头脑看穿军人隐藏的真相，与他们签署了合作契约获得释放。

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—第07集—【雷特利班的战斗】

与奇克一起冲进基地的小邦马上被等候已久的士兵们抓住，为协助共和国的部队慕蓓将利用之前的关系进入帝国要塞的火焰桥引爆集装箱中的炸药终结这场战争，不过慕蓓知道引爆器是共和国制的之后心理一阵不安。
虽然帝国元帅普罗因兹下达了直接开战的命令，但修巴鲁兹上校并不打算乖乖听从他的指示，两军展开了沉默的对峙——双方指挥官都没有想开战的意思。但普罗因兹早已买通修巴鲁兹的部下，在不了解现况的情况下罗素所在的游击小队对帝国军发动了攻击。
飞行迅龙的攻击成为开战的讯号，两军的战争一触即发，但慕蓓的炸弹却无法顺利引爆。前往支援的小邦在阿帕因的帮助下跳过雷特利班成功引爆炸弹阻止了这场战争，修巴鲁兹和哈曼很有默契地退兵，看着从眼前走过的重装长牙狮，修巴鲁兹感觉到他们以后一定会在战场上再次见面……

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—第08集—【前往共和国之路】

马鲁克斯将战争的过失全部丢给罗素，为挽回自己的名誉罗素决定趁小邦等人没驾驶ZOIDS展开袭击。另一方面为了寻找ZOIDS EVE小邦等人向首都进发，而了解到Organoid会选择自己亲近的对象成为伙伴的阿帕因，决定赖在小邦身边等待机会夺取奇克。
在市场采购旅行时必须物品的小邦等人遭到罗素小队成员的袭击，寡不敌众的小邦和慕蓓在市内引起不小骚动。虽然小邦好不容易甩掉追击自己的成员，但在ZOIDS停放处却被早已埋伏在这里的罗素等人抓住。
在菲妮的掩护下小邦获得自由，气急败坏的罗素操纵突击角龙与重装长牙狮展开交战，在双方战斗得难分难解时帝国的追兵已经来到了附近，眼见继续战斗下去已经没有意义的罗素解散了沙漠之虹，并期待小邦等人不会被帝国军捉住。

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—第09集—【魔物居住的山谷】

小邦一行人持续遭到帝国军的追击，战斗结束后小邦感觉在战斗中重装长牙狮状态有些奇怪，随后在山谷中大家发现ZOIDS失去了控制，经验丰富的阿帕因告诉大家这里是会发出令ZOIDS控制系统失效的雷亚赫尔兹地带。
奇克因为干扰脉冲而倒下，再次苏醒的奇克失去理智与重装长牙狮融合打败机动奔狼后离开大家。眼看大家都放弃了奇克，小邦独自一人在山脉间追寻着重装长牙狮的踪迹，甚至为此受了重伤，面对小邦不愿的执着奇克不由自主开始产生动摇……
在同伴们的帮助下小邦终于追上了奇克，如同刚见面时一样，小邦默默承受着奇克的攻击，再次为小邦的热情打动的奇克在后退时掉到悬崖，而在小邦不愿放弃的热情下奇克回复了理智——这就是他们两人的感情带来的奇迹吧。

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—第10集—【降下梦想的山谷】

小邦一行人追踪着ZOIDS EVE的线索决定采访拥有丰富ZOIDS知识的共和国学者D博士，虽然看上去只是个普通的糟老头，但他仅仅驾驶了机动奔狼一小会儿便发现它的主炮已经出现误差，为了得到ZOIDS EVE的线索小邦和阿帕因不得不在D博士家里打工。
跟着性格任性的D博士小邦和阿帕因吃尽了苦头，在与共和国军的无人ZOIDS交战之后两人才明白自己被D博士耍了。匆忙赶回来的小邦发现D博士的房子已经被奇袭毒蝎所毁，从D博士的孙子口中得知他一直在进行人工降雪的研究工作。
被D博士追逐梦想的热情所打动的小邦和阿帕因没有放弃希望，反倒协助D博士展开降雪实验的研究工作，但实验最终还是失败了……就在小邦等人垂头丧气地离开此地时，天上下起了皑皑白雪——这大概是上天对小邦等人的奖励吧。

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—第11集—【伊塞利纳的雾中】

小邦等人为前往首都来到了大雾弥漫的伊塞利纳，在山上小邦因为肚子饿跑出运输列车虫而与寻找他的阿帕因、菲妮走失，在小邦为“伊塞利纳的魔物”而恐惧时，遇上了驾驶杀手恐龙拥有特殊能力的罗莎，并了解到魔物的真相。
另一方面依然被马鲁克斯追捕的薇欧拉在了解到小邦等人的行踪后，决定为罗素报仇，然而小邦并不知道薇欧拉正是罗莎口中“温柔的姐姐”。不熟悉地形环境的小邦在战斗中吃尽苦头，但最终小邦在罗莎的帮助下将薇欧拉击败。
薇欧拉最终在尴尬中与自己的妹妹相见，小邦看着无法对妹妹说出真相的薇欧拉对她撒谎自己背上盗贼的污名，薇欧拉最后也没有回到自己的村庄展开新的绿草。而在大雾散去后小邦终于找到失散的阿帕因和菲妮。