第三新东京市。望着月亮沉思的真嗣。在浴室里边洗澡边哼歌的明日香。在街上夜游的人潮。一切看起来是那么和平......可是，战机群的引擎声和战车群的炮击声，还有冲天而起的火焰，破坏了这个和平的夜。
气急败坏地从浴室里冲出来的明日香。“干什么啊！为什么还不发非常警报呢？敌人是谁？新的使徒吗？真是的！在这种非常时期，美里和真嗣都跑到哪里去了呀？”“我在这里啊。”背后传来了真嗣的声音。“咦？！”“那个......你好象没有穿衣服......”明日香这才发现自己是一丝不挂的。接着......“明日香飞踢！”“呜哇！！”夜空中回荡着真嗣的惨叫声......
隔天早上的学校教室。“我是转学生雾岛真名，请多多指教！”一位精神羿羿的美少女出现在真嗣等人的面前。不知道为什么，她似乎对初次见面的真嗣很有好感，时常主动接近他。“为了和真嗣见面，我早上六点就起床换上了这套制服，怎么样，合适吗？”在明日香嫉妒的眼神下，真名十分大胆地向真嗣表达情意。虽然她对真嗣似乎真的没有恶意，但是她对EVA和NERV的异常关心却让明日香心中起疑。在嫉妒和怀疑的双重心理作用下，她总是把真名认定为某“不明势力”派来接近真嗣的间谍，并且时常往大家面前诋毁真名。
虽然不断遭到明日香的阻扰，连律子、碇源堂等人都曾经怀疑过真名是间谍，可是真嗣和真名的感情还是发展得很迅速。尤其是在芦之湖的一场快乐的约会之后，真嗣更是对真名动了真心。在美里、加持等人的祝福下，真嗣这段恋情似乎会有个幸福快乐的结局。然而，这个热恋其实没有那么单纯，巨大的危机就隐藏在后面。
战略自卫队医院。在富士山麓的湖中被发现的机器人的驾驶员被收容在此。真嗣、零和明日香碰到了前来探望那名驾驶员的真名。“他是我以前的朋友，圭太......”真名虽然这么说，但是真嗣却发觉她似乎在隐瞒什么。几天之后，再度前去探望的四人却发现圭太失踪了。不仅如此，医院里更出现了不明人士要袭击真嗣等人；然而在及时赶到的美里协助下，众人成功的逃离医院。在车上，真名终于对大家说出了真相：
他们袭击我，是因为我背叛了他们.......我是被派来监视EVA初号机的驾驶员碇真嗣的军方的少年兵。目的是将搜集来的EVA的情报，提供给兵器开发部来改良机器人的性能......话虽如此，但我喜欢真嗣君这件事并没有说谎......而我、圭太和武藏三个人，从以前就一直是很好的朋友。在军中，我们三个都被选为机器人的测试员。可是那机器人的设计问题丛生，我的身体没多久就撑不住而住院了。武藏和圭太也是心力交瘁，又受不了军中的苛虐。有一次他们在我面前说“驾驶那机器人逃走吧”，我还以为他们是在说笑，没想到他们却真的付诸行动了......”
真嗣虽然感到被欺骗的痛苦，但他还是想保护真名。美里也想把真名带回NERV加以保护，谁知碇源堂从中作梗，下令NERV不得介入此事。真嗣虽然极力抗议，但仍然只能眼睁睁地看着真名被军方带走......不久以后，真嗣得知了一个惊人的消息：军方将不计真名的生死，以她为饵诱出藏匿在芦之湖中的机器人，再将其完全消灭。同时为了避免周围损害过重，向NERV发出了出动要求......
NERV中央作战司令室中的美里。“......大家都听好了，这次是救人作战，各机务必全力以赴。懂了吗？”
“是是是！反正交给我一定没有问题啦！”依旧是信心满怀的明日香。
“知道了。”依旧是面无表情的零。
“真名，你等着......我......一定会救你的！”依旧是喜欢真名的真嗣。
“......厚木基地的NN爆雷轰炸机准备出击。”依旧是胡搞瞎搞的碇源堂。
芦之湖畔。突破了战车火网的机器人，抓起了关着真名的铁笼。初号机虽想从对方手上抢回真名，可是真嗣却顾忌著真名的安危而无法发挥全力。“初号机同步率，降低5％！”
眼见情势不利的美里，对明日香发出了指示。“交给你了，把机器人压制住！”
“看我的吧......！”明日香驾着二号机猛扑过去。可是，这时机器人摆脱了初号机的纠缠，向着外轮山的方向逃走了。“糟了，快追！”真嗣和明日香立刻全力追赶。
“初号机，电源线切断！内藏电源启动，距离初号机活动界限还有4分30秒！”
“二号机，电源线切断！内藏电源启动，距离二号机活动界限还有4分55秒！”
“厚木基地报告，NN爆雷轰炸机7分后抵达现场！”
美里对在外轮山严阵以待的零发出指示。“目标向零号机接近中，一定要挡住它，知道吗？”
“知道了。”
“目标与零号机接触！”
“距离初号机活动界限还有3分30秒！”
“距离二号机活动界限还有3分55秒！”
“目标通过外轮山！”
“零号机，电源线切断！内藏电源启动，距离零号机活动界限还有4分55秒！”
“NN爆雷投下，还有5分！”
“......初号机不可以有损伤。对初号机发出停止命令。”碇源堂发下了无情的命令。
律子忠实地执行了这个对真嗣来说十分残酷的命令。“对初号机发出强制停止信号。”可是......
“强制停止信号，初号机无法接收！初、初号机，失控！”
“初号机活动界限，还有3秒...2秒...l秒...初号机，机能停止！”
“NN爆雷投下，还有2分！”
静止了的机器人和初号机之前。紧紧抱著武藏的真名。茫然地看着他们，呆站着的真嗣。他的耳边，回荡着真名哀伤的声音：“我很喜欢真嗣君，可是......芦之湖的约会，我很快乐；我也很喜欢美里小姐作的晚餐，那种大家一起吃的晚餐......可是，我还是......一切都结束了......再见了，真嗣君......”
终于投下的NN爆雷。被及时赶到的明日香拉进二号机的插入栓里的真嗣。巨大的闪光消失后，一切归于静寂......
真名、武藏和机器人的身影完全消失了。现场只留下了水银般的金属残留物。“一定......，他们一定是在那一瞬间用逃生艇脱离了，所以他们一定还活在某处，等着我去救他们......，对，一定是这样......”真嗣的心里对着自己这么说。
NERV中央作战司令室里的美里。“EVA三机都没事吗？”
“是！确认EVA机平安无事。”
“......机器人那边的生还者呢？”
“确认机器人方无生还者。”......
寂静的湖畔，重逢的真嗣和真名，“我会离开这里，去一个没有人认识我的小镇，进一个新的学校，开始新的生活......”“那以后我们就真的不能再见面了，是吗？”“也许终会有相聚的那一天......”
片尾的主题曲「预感」。在高桥洋子带着淡淡的哀愁的歌声中，故事落幕了......
